Struktura organizacyjna Spółki oparta jest o „Regulamin organizacyjny MPWiK Sp. z o.o. w Lublinie” zatwierdzony Uchwałą nr 81/VI/2022 Rady Nadzorczej z dnia 12.12.2022 r.
W celu realizacji zadań Spółka prowadzi swoją działalność za pośrednictwem wyodrębnionych Pionów i komórek organizacyjnych sprawujących określone funkcje. Na czele wyodrębnionych w strukturze organizacyjnej Pionów stoją Dyrektorzy, którzy kierują i sprawują nadzór merytoryczny i organizacyjny nad pracą podległych komórek organizacyjnych i stanowisk pracy, wchodzących w skład struktury pionu oraz są odpowiedzialni za realizację i jakość powierzonych zadań. Są to:
- Dyrektor Produkcji,
- Dyrektor Oczyszczalni,
- Dyrektor Eksploatacji,
- Dyrektor Rozwoju i Inwestycji,
- Dyrektor Obsługi Klienta i Administracji,
- Dyrektor Ekonomiczno-Finansowy.